โรคสำคัญของส้มที่เข้าทำลายและพบระบาดในแหล่งปลูกส้มต่าง ๆ ได้แก่ โรคแคงเกอร์ โรครากเน่าและโคนเน่า โรคใบเปื้อนน้ำหมากหรือโรคเมลาโนส โรคแผลสะเก็ดหรือโรคสแค็บ โรคผลร่วงหรือโรคขั้วผลเน่า โรคทริสเตซา โรคกรีนนิง และอาการผิดปกติที่เกิดจากการขาดธาตุอาหาร ส่วนแมลงและไรศัตรูส้มที่สำคัญซึ่งทำลายทำให้เกิดความเสียหายแก่การปลูกส้ม ได้แก่ หนอนชอนใบส้ม หนอนแก้วส้ม เพลี้ยไฟ ไรแดง และไรสนิม โรคและแมลงศัตรูส้มสำคัญบางชนิดที่เกษตรกรควรรู้ ได้แก่
เป็นโรคซึ่งเกิดจากเชื้อแบคทีเรีย Xanthomonas campestris pv. citri มักพบการระบาดในระยะที่ส้มแตกหรือผลิใบอ่อนโดยเฉพาะอย่างยิ่งในฤดูฝนคือประมาณเดือนมิถุนายนจนถึงตุลาคมหรือพฤศจิกายน แต่อาจพบโรคนี้ได้ประปรายในช่วงระยะเวลาอื่น ๆ บริเวณที่พบโรคนี้มาก ได้แก่ สวนที่ค่อนข้างรกทึบมีการระบาดของหนอนชอนใบมากหรืออาจพบในสวนส้มที่ปลูกในพื้นที่โล่งแจ้ง ไม่มีต้นไม้ใหญ่ล้อมสวนก็ได้ นอกจากนี้ยังพบมากในสวนส้มที่มีการปลูกมะนาวหรือมะกรูดไว้ตามคันล้อมอีกด้วย การป้องกันกำจัดโรคนี้สามารถปฏิบัติได้โดย
๑. ปลูกไม้ยืนต้น เช่น ไม้ผลชนิดต่าง ๆ สน กระถินเทพา หรือไม้โตเร็วอื่น ๆ ล้อมรอบสวนหรือแปลงปลูกเพื่อเป็นแนวกำบังลม
๒. ไม่ควรปลูกมะนาวหรือมะกรูดในแปลงปลูกส้มเขียวหวานหรือส้มโอ เพราะมะนาวและมะกรูดเป็นส้มพันธุ์ที่อ่อนแอต่อโรคแคงเกอร์และมักเป็นแหล่งสะสมเชื้อสาเหตุของโรค
๓. ป้องกันกำจัดหนอนชอนใบส้มซึ่งส่งเสริมการแพร่ระบาดของโรค
๔. โรคแคงเกอร์สามารถป้องกันได้โดยการใช้สารประกอบของทองแดง เช่น คอปเปอร์ออกซีคลอไรด์ หรือคอปเปอร์ในรูปของบอร์โดมิกซ์เจอร์ (จุนสีผสมกับปูนขาวในอัตรา ๖๐ - ๘๐ กรัม ต่อ ๘๐ - ๑๐๐ กรัม ละลายในน้ำ ๒๐ ลิตร) หรือคิวปริกไฮดรอกไซด์ ในอัตรา ๑๐ - ๒๐ กรัมผสมน้ำ ๒๐ ลิตร ฉีดพ่นในระยะส้มแตกใบอ่อนหรือในช่วงระยะเวลาต้นฤดูฝนตั้งแต่เดือนพฤษภาคมจนถึงเดือนตุลาคมหรือพฤศจิกายน ฉีดพ่นประมาณ ๑๐ - ๑๕ วัน / ครั้ง เพื่อป้องกันโรค และ ๕ - ๗ วัน / ครั้ง โดยฉีดพ่น ๒ - ๓ ครั้ง ติดต่อกันเพื่อควบคุมรักษาโรค
๕. การระบาดของโรคแคงเกอร์หากรุนแรงมากจนการใช้สารประกอบของทองแดงหรือคอปเปอร์ไม่ได้ผลก็จำเป็นต้องใช้สารปฏิชีวนะประเภทสเตร็ปโตไมซินในอัตรา ๓๐๐ - ๕๐๐ ส่วนในล้านส่วน (พีพีเอ็ม) ฉีดพ่นประมาณ ๗ - ๑๐ วัน / ครั้ง แต่การใช้สารปฏิชีวนะมีข้อจำกัดและข้อควรระมัดระวังมาก
เป็นโรคที่เกิดจากเชื้อรา Cercospora citri พบระบาดมากในฤดูแล้งหรือประมาณเดือนตุลาคมถึงเมษายน โรคนี้มักเกิดกับใบที่เริ่มเพสลาดโดยเกิดตุ่มคล้ายกระดาษทรายน้ำหรือเกิดรอยเปื้อนคล้ายน้ำหมากบนใบ โดยเฉพาะด้านใต้ใบและอาจเกิดกับกิ่งทำให้แห้งตายจากปลายกิ่งได้สามารถป้องกันกำจัดโรคนี้ได้โดย
๑. ตัดแต่งกิ่งและทรงพุ่มของต้นส้มไม่ให้รกทึบ
๒. หากพบโรคในระยะแรกเริ่มและไม่มีการระบาดมากควรรีบตัดกิ่งที่เป็นโรคและเผาทำลายฉีดสารเคมีป้องกันกำจัดเชื้อรา เช่น ซีเนบ มาเนบ หรือแมนโคเซบ เพื่อป้องกันการระบาดของโรค
๓. ในกรณีที่เกิดการระบาดของโรคควรใช้สารเคมีป้องกันกำจัดเชื้อราโพรพิเนบ คลอโรทาโลนิลหรือคาร์เบนดาซิม ฉีดพ่น ประมาณ ๗ - ๑๐ วัน/ครั้ง ฉีดพ่น ๒ - ๓ ครั้งติดต่อกัน
จัดเป็นโรคที่รุนแรงมากอย่างหนึ่งสำหรับการปลูกส้มเกิดจากการทำลายของเชื้อรา Phytophthora parasitica ทำให้เกิดอาการแผลเน่าสีน้ำตาลหรือสีน้ำตาลแดงบริเวณโคนต้น กิ่ง และรากของต้นส้ม อาจพบอาการยางไหลจากแผลบริเวณโคนต้น ต้นส้มที่เป็นโรคมักมีสภาพทรุดโทรมไม่สมบูรณ์แข็งแรงมีการแตกใบน้อยใบมักมีสีเหลืองซีดต้นที่เป็นโรครุนแรงจะมีอาการคล้ายต้นพืชที่ขาดน้ำ มักระบาดรุนแรงมากกับต้นส้มที่ปลูกในดินเปรี้ยว การป้องกันและกำจัดโรคนี้สามารถปฏิบัติได้โดย
๑. การใช้พันธุ์ส้มที่มีความต้านทานหรือทนต่อโรค และการเข้าทำลายของเชื้อราสาเหตุ เช่น ส้มพันธุ์ทรอยเยอร์ (troyer) พันธุ์คาริโซ (carizo) เป็นต้นตอสำหรับการติดตาด้วยยอดพันธุ์ดีหรือพันธุ์ที่ต้องการ
๒. การปรับปรุงคุณภาพของดินและความอุดมสมบูรณ์ของดินโดยการใช้อินทรียวัตถุและปรับความเปรี้ยวของดิน โดยการใช้วัสดุประเภทปูนที่ใช้ในทางการเกษตร เช่น ปูนมาร์ล ปูนโดโลไมต์
๓. ดินที่ปลูกส้มต้องมีการระบายน้ำดีไม่มีสภาพขังน้ำบริเวณโคนต้นส้มต้องมีลักษณะเป็นเนินไม่เป็นแอ่งทรงพุ่มและภายในเรือนพุ่มต้นส้มต้องไม่รกทึบเพื่อให้อากาศและแสงแดดผ่านได้สะดวก
๔. หากพบแผลของโรคที่บริเวณโคนต้นส้มให้ถากเปลือกลำต้นที่เป็นแผลออกแล้วทาแผลด้วยสารละลายของสารป้องกันกำจัดเชื้อรา เช่น บอร์โดมิกซ์เจอร์ โฟซทิลอัล หรือฟอสฟอรัส แอซิด
๕. การใช้จุลินทรีย์ควบคุมและป้องกันโรค เช่น การใช้เชื้อราไตรโคเดอร์มา (Trichoderma spp.) โรยดินบริเวณทรงพุ่มเพื่อควบคุมและกำจัดเชื้อราสาเหตุของโรค
โรคนี้เกิดจากการทำลายของเชื้อไวรัสที่เรียกว่า Citrus tristeza virus หรือ CTV พบว่าโรคนี้เข้าทำลายส้มได้ทุกสายพันธุ์แต่มะนาวเป็นพันธุ์ส้มที่อ่อนแอต่อโรคและแสดงอาการของโรคได้รุนแรงมากกว่าส้มพันธุ์อื่น ๆ ต้นส้มที่เป็นโรคนี้จะมีใบอ่อนที่มีสีเขียวซีดหรือด่าง เส้นใบมีอาการโปร่งแสงเป็นขีดสั้น ๆ ใบมีขนาดเล็กผิดปกติ มีการติดผลมากแต่ผลมักหลุดร่วงง่าย ผลมีขนาดเล็ก บริเวณลำต้นหรือกิ่งใหญ่ ๆ มีลักษณะไม่เรียบคล้ายบิดเป็นคลื่ หรือเป็นร่องยาวขนานกับลำต้นหรือกิ่งและเมื่อเปิดเปลือกบริเวณที่เป็นร่องออกจะพบว่าเนื้อไม้เป็นร่องเว้าบุ๋มลึกลงไป โรคนี้ระบาดโดยการขยายพันธุ์ด้วยการตอนกิ่งหรือติดตาจากต้นพันธุ์ที่เป็นโรคและมีแมลงพาหะนำโรค คือ เพลี้ยอ่อน สำหรับการหลีกเลี่ยงและป้องกันโรคนี้ควรปฏิบัติ ดังนี้
๑. เลือกต้นพันธุ์หรือขยายพันธุ์ต้นส้มจากต้นที่สมบูรณ์แข็งแรงไม่เป็นโรคหรือเป็นต้นพันธุ์ส้มที่ปลอดโรค
๒. ดูแลให้ต้นส้มสมบูรณ์แข็งแรงด้วยการให้ธาตุอาหารและน้ำอย่างเหมาะสมกับความต้องการของต้นส้ม
๓. ป้องกันและควบคุมกำจัดเพลี้ยอ่อนซึ่งเป็นแมลงพาหะนำโรค
เนื่องจากต้นส้มต้องการธาตุอาหารครบทั้ง ๑๖ ธาตุและมีความอ่อนแอต่อการขาดธาตุอาหารรอง คือ ธาตุแมกนีเซียม ธาตุสังกะสี และธาตุเหล็ก ต้นส้มที่ขาดธาตุอาหารต่าง ๆ จึงมีการเจริญเติบโตที่ผิดปกติ ขนาดของใบเล็กลง ใบมีสีเหลืองเขียวซีดต่าง ๆ กัน การขาดธาตุแมกนีเซียมทำให้ใบส้มมีสีเหลืองโดยเส้นกลางใบและพื้นที่ใบบริเวณโคนใบมีสีเขียวเป็นรูปลิ่มหรือตัววี (V) กลับหัว แต่ถ้าต้นส้มขาดธาตุสังกะสีใบส้มจะเขียวซีดหรือเหลืองโดยที่เส้นกลางใบและเส้นแขนงมีสีเขียว โรคที่เกิดจากการขาดธาตุอาหารนี้เกิดจากการที่ต้นส้มได้รับธาตุอาหารไม่เพียงพอหรือต้นส้มไม่สามารถดูดธาตุอาหารที่มีอยู่ในดินไปใช้ประโยชน์ได้ การปรับปรุงสภาพและคุณสมบัติของดินที่ปลูกให้มีความอุดมสมบูรณ์และเหมาะสมโดยการใช้อินทรียวัตถุการให้ธาตุอาหารอย่างสมดุลและเพียงพอแก่ต้นส้มจะสามารถป้องกันและแก้ไขโรคนี้ได้
เป็นหนอนของผีเสื้อกลางคืนขนาดเล็ก ตัวหนอนมีสีเหลืองอ่อนมักเข้าทำลายใบอ่อนโดยการชอนไชอยู่ใต้บริเวณผิวใบและดูดกินน้ำเลี้ยงทำให้ใบส้มเกิดร่องรอยคดเคี้ยวเป็นทางและบิดเบี้ยว ม้วนงอ นอกจากจะทำให้ต้นส้มแคระแกร็นไม่เจริญเติบโตแล้วบาดแผลที่เกิดจากการทำลายของหนอนชอนใบจะเป็นช่องทางให้โรคแคงเกอร์เข้าทำลายซ้ำอีกด้วย หนอนชอนใบสามารถระบาดในสวนส้มได้ตลอดปีหรือทุกครั้งที่ต้นส้มแตกหรือผลิใบอ่อน แต่มักมีการระบาดรุนแรงมากในช่วงฤดูฝนประมาณเดือนพฤษภาคม - เดือนตุลาคม ซึ่งเป็นระยะเวลาเดียวกันกับที่มีโรคแคงเกอร์ระบาด สามารถป้องกันและกำจัดหนอนชอนใบส้มได้โดยการใช้แมลงห้ำและแมลงเบียนหรือการใช้สารเคมีในกลุ่มของไดเมทโทเอท ฟลูเฟนนอกซูรอน อิมิดาโคลปริก หรือสารเคมี ตามคำแนะนำของนักวิชาการ บางครั้งหากหนอนมีการระบาดรุนแรงมากหรือเมื่อฉีดสารเคมีทั่วไปตามที่แนะนำแล้วแต่ยังไม่สามารถควบคุมการระบาดได้ก็จำเป็นต้องใช้เมทโทมิล เปอร์เมทริน ไซเปอร์เมทริน ไซเปอร์เมทรินแอลฟา
เป็นแมลงศัตรูที่มีขนาดเล็กพบระบาดในสวนส้มทั่วไป ทำลายยอดอ่อนและใบอ่อน ทำให้ยอดอ่อนหงิกงอ ใบอ่อนบิดเบี้ยว เพลี้ยไฟจะดูดกินน้ำเลี้ยงของดอกและทำให้ดอกร่วงได้ พบการระบาดทำลายของเพลี้ยไฟในช่วงฤดูหนาว - ฤดูร้อน คือประมาณตั้งแต่เดือนตุลาคม - เดือนเมษายน และอาจพบการระบาดในฤดูฝนในระยะเวลาที่ฝนทิ้งช่วงได้เช่นกัน การป้องกันและกำจัดเพลี้ยไฟ สามารถใช้วิธีการให้น้ำเหนือยอดต้นส้มและเลือกใช้สารเคมีเพื่อการควบคุมและกำจัด เช่น อิมิดาโคลปริกฟลูเฟนนอกซูรอนให้เหมาะสมและถูกต้อง ภายใต้คำแนะนำของนักวิชาการ สำหรับสารเคมีประเภทกำมะถันผงก็สามารถใช้ในการฉีดพ่นเพื่อป้องกันกำจัดเพลี้ยไฟได้แต่ต้องระมัดระวังไม่ควรฉีดพ่นในระยะใบอ่อนและระยะดอกเพราะกำมะถันผงอาจทำให้ใบอ่อนไหม้และดอกร่วงได้
เป็นตัวอ่อนของผีเสื้อกลางวันที่มีลายสีดำเหลือง ไข่มีรูปร่างกลมสีเหลือง ขนาดประมาณหัวเข็มหมุดเป็นฟองเดี่ยว ๆ บนใบส้ม หนอนแก้วส้มระยะวัยแรก ๆ เมื่อฟักออกจากไข่จนถึงระยะวัยที่ ๔ มีสีดำขาวคล้ายขี้นกหรือขี้หนอนมีลักษณะคล้ายหนามบนลำตัว เมื่อโตขึ้นเป็นหนอนระยะวัยที่ ๕ ลำตัวหนอนจะมีสีเขียวแกมสีเหลืองและมีขนาดค่อนข้างใหญ่ หนอนแก้วส้มจะเริ่มกัดกินใบอ่อนตั้งแต่ระยะที่เพิ่งฟักออกจากไข่ เมื่อมีขนาดโตขึ้นจะกัดกินทำลายใบส้มทั้งใบอ่อนและใบแก่ได้รวดเร็วมากทำให้ยอดส้มโกร๋นเหลือแต่ก้านใบหรือกิ่งก้านเป็นแมลงศัตรูที่ระบาดทำลายส้มในฤดูฝน คือ ประมาณตั้งแต่เดือนพฤษภาคม - ตุลาคม หากพบผีเสื้อกลางวันตัวแม่เริ่มวางไข่ต้องเฝ้าระวังการทำลายของหนอน อาจป้องกันโดยการใช้กับดักแสงไฟเมื่อพบหนอนหรือการทำลายยังไม่มากให้ใช้วิธีจับตัวหนอนออกจากต้นส้มหรือการฉีดพ่นด้วยสารสกัดจากสะเดาหรือสารป้องกันกำจัดแมลงที่มีความปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อม
เป็นศัตรูพืชที่มีขนาดเล็กต้องใช้แว่นขยายส่องดูจึงจะมองเห็นได้ชัดเจน จัดเป็นสัตว์จำพวกเดียวกับแมงมุมไม่จัดเป็นแมลง ลำตัวกลมค่อนข้างแบนมีสีน้ำตาลหรือสีแดงเข้มมีขา ๔ คู่ ทั้งตัวอ่อน และตัวแก่เข้าทำลายใบและผลอ่อนของส้มโดยทำลายเซลล์ผิวหน้าใบทำให้สีใบเปลี่ยนเป็นสีเขียวจางหรือซีดและหน้าใบไม่เป็นมันมีลักษณะเป็นคราบผงคล้ายฝุ่นหรือผงสีขาวอยู่บนใบผิวของผลที่ถูกดูดกินน้ำเลี้ยงจะมีสีเขียวซีดและกระด้าง ผลจะมีการเจริญเติบโตน้อยลงหรือไม่มีการเจริญเติบโต แคระแกร็น ทำให้ผลมีขนาดเล็กและไม่สมบูรณ์ ไรแดงมีการระบาดทำลายส้มมากในฤดูแล้งหรือในระยะเวลาที่ฝนทิ้งช่วง
เป็นศัตรูพืชที่มีขนาดเล็กเช่นเดียวกันกับไรแดงแอฟริกัน ตัวอ่อนเมื่อฟักออกมาใหม่ ๆ มีสีน้ำตาลอ่อนและเมื่อมีอายุมากขึ้นลำตัวจะมีสีเข้มมากขึ้นจนมีสีเหลืองเข้มหรือสีเหลืองปนน้ำตาล มีขา ๔ คู่ โดยขา ๒ คู่อยู่ทางด้านหน้าลำตัวและอีก ๒ คู่อยู่ทางด้านหลังของลำตัว ตัวอ่อนและตัวเต็มวัยของไรสนิมสามารถเข้าทำลายส้มได้ทั้งบนใบและผลโดยการดูดกินน้ำเลี้ยงจากเซลล์ผิวใบและเปลือกผลทำให้ใบมีลักษณะกระด้างหน้าใบไม่มันและมีสีเขียวคล้ำเปลือกของผลส้มที่ถูกไรสนิมดูดกินน้ำเลี้ยงจะเปลี่ยนสีจากสีเขียวเป็นสีน้ำตาลแดงหรือสีแดงคล้ำคล้ายสนิมเหล็ก เมื่อผลส้มสุกโดยเฉพาะส้มเขียวหวาน เปลือกผลจะเปลี่ยนเป็นสีเหลืองหรือสีส้มบริเวณเปลือกส้มที่ถูกไรสนิมทำลายยังคงมีสีน้ำตาลแดงหรือสีแดงคล้ำ เรียกกันว่า ผิวส้มแบบบางมดและเรียกส้มเขียวหวานที่มีลักษณะดังกล่าวว่า “ส้มบางมด” การระบาดทำลายของไรสนิมเกิดในฤดูแล้งเหมือนกับไรแดงแอฟริกัน